Kwetiapina może spowodować zwiększenie poziomu trójglicerydów we krwi, a także zwiększenie stężenia cholesterolu całkowitego (głównie frakcji LDL). Podczas leczenia kwetiapiną może wystąpić leukopenia, zwiększenie aktywności enzymów wątrobowych (ALT, AST), obrzęki obwodowe, wydłużenie odstępu QTc mogące wiązać się ze złośliwymi zaburzeniami rytmu serca (nie potwierdzono przetrwałego wydłużenia QTc). Kwetiapina stwarza znikome ryzyko wystąpienia niepożądanych objawów pozapiramidowych, w związku z czym u pacjentów o wysokiej wrażliwości na neuroleptyki należy do leków pierwszego wyboru. Ryzyko wystąpienia złośliwego zespołu neuroleptycznego podczas stosowania kwetiapiny jest znacznie niższe, niż w przypadku klasycznych neuroleptyków. Stosowanie kwetiapiny u pacjentów z chorobami serca i krążenia wymaga zachowania ostrożności. Według FDA u pacjentów w podeszłym wieku stosowanie neuroleptyków atypowych, w tym kwetiapiny, może podnosić ryzyko wystąpienia udaru. W przeciwieństwie do wielu innych neuroleptyków kwetiapina rzadko wpływa w istotnym stopniu na poziom prolaktyny, w związku z czym rzadziej niż inne neuroleptyki zaburza funkcje seksualne. Kwetiapina uznawana jest za neuroleptyk, którego ryzyko śmiertelnego przedawkowania jest stosunkowo niewielkie.