Występuje jednak w szerokiej gamie różnych zbiorowisk z takich syntaksonów jak: Artemisietea vulgaris, Convolvulo-Agropyrion, Aegopodion podagrariae, Artemisio-Tanacetetum vulgaris, Galio-Urticetea, Calystegietalia, Arrhenatherion elatioris.
Rozprzestrzenia się w miejscach z uszkodzoną pokrywą roślinną, w różny sposób przekształcanych z powodów antropogenicznych. W zwartych i trwałych płatach roślinności nie jest inwazyjny, aczkolwiek może utrzymywać się na trwałych użytkach zielonych np. dzięki kopcom kretów.
Gatunek jest bardzo problematyczny na użytkach zielonych i nieużytkowanych łąkach, które w krótkim czasie może zdominować znacznie redukując miejscową florę. Uznawany jest także za uciążliwy chwast upraw winorośli. W uprawach innych gatunków, które wyrastają wyżej niż rukiewnik, roślina ta nie stanowi problemu ponieważ zacieniona przegrywa konkurencję z gatunkiem uprawnym. Poza skutecznym konkurowaniem tego gatunku o przestrzeń w miejscach występowania, podczas obfitego kwitnienia rukiewnik wabi skutecznie owady zapylające, co znacznie ogranicza szanse na zapylenie gatunków współtowarzyszących. Stanowi pułapkę ekologiczną dla motyli takich jak bielinek rzepnik Pieris rapae i bielinek kapustnik P. brassicae, które składają na tej roślinie jaja, ale gąsienice na niej nie przeżywają.