W 1858 Nowicki odbył podróż do Zachodniej Europy, gdzie nawiązał kontakty z Joachimem Lelewelem, Teodorem Tomaszem Jeżem i Józefem Ignacym Kraszewskim. Osiadł w Żytomierzu, skąd za udział w powstaniu styczniowym w 1861 został zesłany do Tambowa. W 1864 został lekarzem zdrojowym w Lipiecku, gdzie przez dwanaście lat był praktykantem na stanowisku dyrektora zakładu leczniczego. Dom Fortunata Nowickiego, i jego żony Zenony, stał się oparciem dla wielu Polaków zesłanych za działalność niepodległościową. Po powrocie do kraju w 1877 założył zakład kąpielowy w Nałęczowie, którego dyrektorem był do 1882.

Zbadał wody żelaziste w Szepietówce na Wołyniu, na Sławinku pod Lublinem, w Celejowie koło Kazimierza i w Nałęczowie. Ogłosił m.in.: Wołyń i jego mieszkańcy w r. 1863 (1870), O użyciu lekarskim wody żelazistej źródeł Nałęczowskich (1883).

W Bibliotece Jagiellońskiej zachowały się listy Nowickiego do Kraszewskiego, który zawsze „wysoko cenił Nowickiego przymioty i do ostatniej chwili zachował dlań w sercu swoim niezachwiany szacunek, przyjaźń gorącą i zaufanie bez granic” – jak zanotował ich wspólny znajomy, poeta Leonard Sowiński.