93.) Podobnie okoliczności śmierci Wygodzkiego ujmuje Marian Fuks, Z dziejów wielkiej katastrofy narodu żydowskiej, Wydawnictwo Sorus, Poznań 1999, s. 95, : Samobójstwa popełnili m.in. prezesi Judenratów: w Wilnie – Jakub Wygodzki[...]. Wątpliwości wokół śmierci Wygodzkiego wyjaśnia Icchak (Henryk) Rubin, Żydzi w Łodzi pod niemiecką okupacją 1939–1945, Wydawnictwo Kontra, Londyn 1988, s. 480, 9: Dr Jakub Wygodzki nie był prezesem wileńskiego Judenratu. W chwili aresztowania, 24 lipca 1941 r., miał 86 lat. Po tygodniu trzymania go w więzieniu został zamordowany razem z całą grupą żydowskich intelektualistów. Córka Wygodzkiego, Aleksandra Brusztein pisze o rozstrzelaniu ojca (А. Бруштейн, Дорога уходит вдаль, Moskwa 1957, s. 53, wyd. pol. Droga biegnie w dal, 1959) – za http://berkovich-zametki.com/2007/Starina/Nomer4/Rafes1.htm, jednak Юлиан Рафес,Первый в мире союз врачей-евреев (г. Вильно) oraz Шошана Гельцер, Жизнь и деятельность доктора Якова Выгодского podają, że bezpośrednią przyczyną aresztowania Wygodzkiego była jego osobista interwencja u władz niemieckich przeciwko kontrybucji nałożonej na Żydów wileńskich przez Franza Murera. Osiemdziesięciopięcioletni starzec został brutalnie zrzucony ze schodów, a po powrocie do domu aresztowany: według Juliana Rafesa – 24 sierpnia 1941, według Shoshany Heltzer – 28 lipca 1941.