Ciało Atahualpy zostało w nocy potajemnie wykopane z grobu przez wiernych Indian i ukryte. Po śmierci władcy Inków jego dwie armie się rozpierzchły, a niewielka armia Pizarro opanowała w ciągu kilku lat całe imperium Inków. Przez jakiś czas broniły się jeszcze oddziały partyzanckie pod dowództwem m.in. wodza imieniem Challcuchima.
Królestwo Vilcabamba
Początki królestwa Vilcabamba datuje się na 1536 rok. Nastąpiło wtedy oblężenie Cuzco przez wojska Manco Inki. Po dziesięciomiesięcznym oblężeniu musiał jednak odstąpić z powodu głodu i słabego morale armii. Schronił się w Vilcabambie, skąd kierował walką partyzancką. Nieraz wycinał całe oddziały hiszpańskie. Jego synowie kontynuowali walkę z Hiszpanami do 1572. Dosyć popularnym mit głosi, że władcy inkascy bohatersko się tam bronili. W rzeczywistości dotyczy to jedynie Manco Inki, a maleńkie państwo do 1572 roku istniało jedynie dzięki łasce Hiszpanów.
Ustrój polityczny i administracja
Sapa Inca