Lato 1904 spędził jeszcze wraz z żoną w Rosji, ale jesienią wyjechał do Berlina, gdzie pozostał do wybuchu I wojny światowej. W tym czasie uczył w konserwatorium Klindwortha-Scharwenki i koncertował, nie tylko w Niemczech, ale prawie w całej Europie: w Wiedniu, Budapeszcie, Paryżu, we Włoszech, a także w Rosji. W czasie koncertów prezentował głównie swoje kompozycje. Zaraz po wybuchu wojny przeżył wielkie rozczarowanie – kiedy on, zdecydowany , został wstępnie osadzony w areszcie domowym, a następnie deportowany do Rosji. Okres wojny nie wywarł na Siergieju większego piętna, bowiem nawet gdy wojska niemieckie zajęły Charków, to mając wielu przyjaciół wśród niemieckich oficerów mógł się w tej sytuacji czuć w miarę bezpiecznie.
Prawdziwym nieszczęściem dla rodziny Bortkiewiczów stała się dopiero rewolucja i wojna domowa w Rosji. Podczas rewolucji posiadłość w Artiomówce została doszczętnie splądrowana i Bortkiewiczom nie pozostało nic innego, jak opuścić na zawsze rodzinne strony. Siergiej z żoną wyjechali do Sewastopola na Krymie, aby stamtąd uciec z Rosji drogą morską.