Pracował również w czterech komisjach: prawniczej (której przewodniczył), administracyjnej, konstytucyjnej oraz regulaminowej i nietykalności poselskiej.
W 1920, podczas wojny polsko-bolszewickiej członek komisji sejmowej badającej warunki uwięzionych w forcie „Mydlniki” członków KPRP.
W wyborach parlamentarnych w 1922 uzyskał mandat poselski z listy nr 2 (PPS) w okręgu wyborczym nr 44 (Nowy Sącz). W Sejmie I kadencji pracował w komisjach: prawniczej (ponownie jej przewodniczył), konstytucyjnej oraz regulaminowej i nietykalności poselskiej. Od 2 lutego 1926 był przewodniczącym Związku Parlamentarnego Polskich Socjalistów – klubu socjalistycznego w Sejmie, zastępując Norberta Barlickiego.
W maju 1926 prowadził zakończoną niepowodzeniem misję utworzenia rządu. 31 maja 1926 w imieniu ZPPS wysunął kandydaturę Józefa Piłsudskiego na prezydenta RP. Gdy ten po dokonaniu wyboru odmówił, 1 czerwca 1926 Zygmunt Marek sam wystartował w wyborach, uzyskując w Zgromadzeniu Narodowym 56 głosów.
W wyborach parlamentarnych w 1928 został wybrany na posła z listy PPS, w okręgu nr 44 (Nowy Sącz) oraz z listy państwowej. Od marca 1928 do 25 stycznia 1930 był wicemarszałkiem Sejmu II kadencji z ramienia PPS.