Bitwa pod Jeną-Auerstedt przesądziła o przebiegu kampanii i całej wojny, ale jej nie kończyła.
Trwał jeszcze pościg za uchodzącymi armiami pruskimi, w szeregach których nastąpił gwałtowny upadek ducha. Po zajęciu Berlina całe dywizje i korpusy poddawały się niemal bez walki. W ciągu 39 dni kampanii błyskawicznej armia pruska przestała istnieć. Do francuskiej niewoli trafiło ponad 140 tysięcy pruskich żołnierzy, a około 60 tysięcy poległo lub zostało rannych (w tym 25 tysięcy pod Jeną i Auerstädt). 250 pruskich sztandarów zostało zawiezionych do Paryża jako zdobycz wojenna. Wszystkie pruskie twierdze na zachód od Wisły, poza Gdańskiem, skapitulowały, ocalały jedynie nieliczne załogi miast na Śląsku i w Prusach Wschodnich. Uniknął pogromu – jako jedyny z całej armii – kilkunastotysięczny korpus gen. , ale tylko dlatego, że stacjonował w znacznym oddaleniu od właściwego teatru działań.
I wojna polska 21 listopada 1806 roku Napoleon wydał w Berlinie dekret o blokadzie kontynentalnej. Odtąd wszelkie kontakty handlowe z Anglią były surowo zabronione, zaś angielskie towary i statki ulegały konfiskacie.