Potem pieczę nad jego losem objęła Królowa Wiktoria. Doktor Treves wypowiadał się, że Merrick zawsze chciał znaleźć się w szpitalu dla niewidomych, gdzie miałby szansę odnaleźć kobietę, która chciałaby związać się z nim, nie zwracając uwagi na jego wygląd. W ostatnich latach życia Merrick odzyskał spokój ducha w pisaniu i spacerach.
Latem 1887 roku wakacje spędził na obszarze Fawsley Hall, Northamptonshire. Na tę wycieczkę wybrał się powozem z zasłoniętymi żaluzjami, by nie zwracać niczyjej uwagi. Odwiedził te rejony jeszcze dwa razy, w roku 1888 i 1889. Mógł tam wypocząć od zgiełku londyńskich ulic, zawarł kilka przyjaźni, zbierał dzikie rośliny, by je potem zabrać do domu. Mieszkał w szpitalu w Londynie aż do śmierci 11 kwietnia 1890 roku (ukończył 27 lat). Przyczynę śmierci uznano za naturalną (przemieszczenie w karku w czasie snu, spowodowane dużym ciężarem jego głowy). Jego szkielet jeszcze niedawno można było zobaczyć w Royal London Hospital. Obecnie istnieje muzeum ku jego pamięci.