Paulo Bento reprezentował także barwy reprezentacji Portugalii, w której wystąpił w 35 spotkaniach ani razu nie wpisując się na listę strzelców. Jego reprezentacyjny debiut przypadł na zremisowany 0:0 mecz z Hiszpanią 15 stycznia 1992 roku. Ostatni mecz w reprezentacyjnej karierze rozegrał na Mistrzostwach Świata w Korei i Japonii. Było to przegrane spotkanie 0:1 z Koreą Południową 14 czerwca 2002 roku. Wystąpił także na Euro 2000, podczas którego został zdyskwalifikowany na 5 miesięcy za swoje zachowanie podczas półfinałowego spotkania z Francją.
Kariera trenerska W 2004, w wieku 35 lat Bento rozpoczął karierę szkoleniową. Na początku został trenerem młodzieżowej kategorii Sportingu. Prowadząc młodzieżową sekcję do mistrzostwa w sezonie 2004/2005 i dostarczając Sportingowi wiele młodych talentów, zyskał uznanie w oczach zarządu. Po zwolnieniu José Peseiro ze stanowiska trenera Sportingu, Bento został mianowany nowym trenerem. Pod jego wodzą Sporting zarówno w sezonie 2005/2006, jak i 2006/2007 zajmował 2 pozycję w lidze. Wygrał Puchar Portugalii oraz Superpuchar Candido de Oliveria. Po sezonie 2006/2007 przedłużył swój kontrakt ze Sportingiem o kolejne dwa lata. Korzystając z doświadczenia nabytego podczas prowadzenia młodzieżówki Sportingu, Bento wprowadził do pierwszej drużyny kilku młodych zawodników.