Pomoc UNRWA jest dostarczana do obozów dla uchodźców na podstawie porozumień zawartych pomiędzy agencją a państwem, na którego terytorium znajduje się dany obóz. UNRWA nie prowadzi żadnych obozów, nie zakłada własnych obozów, nie posiada uprawnień policyjnych i administracyjnych, jedynie niesie pomoc humanitarną dla uchodźców. Większość funduszy UNRWA pochodzi z krajów Unii Europejskiej i Stanów Zjednoczonych.
Od stycznia 2024 rząd Izraela domniemywa że pracownicy UNRWA byli zaangażowani w atak palestyńskiego Hamasu na Izrael z 7 października 2023 roku. W konsekwencji m.in. USA, Niemcy czy Kanada początkowo wstrzymały finansowanie agendy. Śledztwo ONZ wykazało, że dotyczyło to przypadku tylko 9 pracowników, w związku z czym większość krajów przywróciła finansowanie.
Tło powstania organizacji thumb|Palestyńscy uchodźcy, 1948 W dniu 29 listopada 1947 Zgromadzenie Ogólne ONZ przyjęło rezolucję nr 181 w sprawie rozwiązania konfliktu arabsko-żydowskiego w Palestynie, poprzez utworzenie dwóch państw: arabskiego i żydowskiego. Przywódcy społeczności żydowskiej zaakceptowali plan podziału Palestyny, chociaż wyrażali swoje niezadowolenie z umieszczenia Jerozolimy i Betlejem w międzynarodowej strefie pozostającej pod administracją ONZ.