W 1744 r. ratusz ponownie spłonął. Odbudowy po tym pożarze były niefortunne. Elewacja zachodnia składała się z trzech niezharmonizowanych ze sobą części. Lewa należała do dobudowanej w XIX w. kordegardy, utrzymanej w pruskim stylu koszarowym z połowy XIX w. Ostatnia przebudowa nastąpiła w końcu XIX wieku po tym, kiedy kolejny raz obiekt spłonął – w nocy z 20 na 21 września 1886 roku. Przed spaleniem udało się uratować tylko pochodzącą ze średniowiecza wieżę.
Projektantem nowego ratusza był architekt Ewald Berger, który zatrudniony był wcześniej przy przebudowie pałacu w Bożkowie. Rozwiązania architektoniczne pałacu były inspiracją dla twórcy kłodzkiego ratusza. Budowa nowego gmachu trwała od 1887 do 1890 r., kosztowała miasto 319 tys. marek. Uroczystego otwarcia dokonano 24 września 1890 r. o godz. 17; interesantów przyjmowano już jednak od czerwca.
Przez pewien czas ratusz był siedzibą muzeum założonego w 1906 r., zajmującego dwa pomieszczenia. W grudniu 1950 r. do pomieszczeń parterowych ratusza zostały przeniesione: Powiatowa Biblioteka Publiczna i Miejska Biblioteka Publiczna (połączone ze sobą w 1955 r.).