W końcu grudnia 1966 wyjechał z ramienia PHZ Polservice do Republiki Nigru. W ciągu dwu lat zorganizował tam służbę geologiczną. Jednocześnie podjął poszukiwania surowców mineralnych w masywie Liptako, położonym w pobliżu stolicy Nigru – Niamey. Rozpoczęte przez niego badania geochemiczne kontynuowane były przez międzynarodową ekipę Programu Rozwoju ONZ (UNDP). Koordynował współpracę Nigru z geofizyczną firmą kanadyjską wykonującą zdjęcia geofizyczne masywu Liptako. Z ramienia rządu zachęcał też międzynarodowe organizacje i prywatne firmy do podjęcia w Nigrze poszukiwań złóż surowców mineralnych i organizował współpracę Republiki Nigru z innymi krajami afrykańskimi w zakresie geologii. Na Międzynarodowym Kongresie Geologicznym w Montrealu, w 1972, przedstawił problemy geologii w krajach trzeciego świata.
W ciągu około 10 lat pracy Zajączkowskiego w Nigrze przebadano tam mineralizację Cu-Mo typu złóż porfirowych w Kurki, mineralizację Cu w metamorficznych łupkach serii Gourma, złoto rozsypiskowe koło Maradi oraz górnoproterozoiczne fosforyty w okolicach Gaya. Rządząca w Nigrze Najwyższa Rada Wojskowa nadała mu w uznaniu zasług stopień Kawalera Orderu Narodowego Nigru.