W 2005 roku wziął udział w turnieju Grand Prix, ale już w pierwszej rundzie przegrał przez poddanie z Antônio Rogério Nogueirą, bratem Minotauro. Następnie przeniósł się do wagi średniej i wygrał pierwszy turniej Pride Bushido Grand Prix. W 2006 roku, po zwycięstwie nad Kazuo Misaki, zdobył pas mistrzowski w wadze półśredniej. Przegrał jednak rewanż z tym zawodnikiem w pierwszej rundzie turnieju Grand Prix w 2006 roku. W październiku 2006 roku, na pierwszej gali Pride w USA (PRIDE 32), pokonał Vitora Belforta. Następnie podczas PRIDE 33 w Las Vegas stanął do walki z mistrzem wagi średniej PRIDE FC, Wanderleiem Silvą. Była to pierwsza walka pomiędzy posiadaczami pasów mistrzowskich różnych kategorii wagowych. Henderson znokautował Silvę w trzeciej rundzie lewym sierpowym, stając się tym samym mistrzem wagi półśredniej i średniej Pride.
UFC Po przejęciu PRIDE przez UFC, starł się z Quintonem Jacksonem, mistrzem wagi półciężkiej UFC, w walce o zunifikowany pas mistrzowski. Przegrał przez decyzję.