Wobec widocznego zbliżania się rosyjskich oddziałów postanowił uciekać wraz z innymi uchodźcami przez tereny górskie, po czym 8 maja 1945 przekroczył most na rzece Enns, na drugiej stronie którego stacjonowały siły amerykańskie.
Okres powojenny w Europie (1945-1947) thumb|240px|Gene Gutowski na służbie w CIC (Landsberg 1946) Do tego czasu podczas wojny żył pod przybraną tożsamością Eugeniusz Gutowski, zaś alianci w kontakcie z nim skrócili wówczas jego oficjalny zapis imienia w angielskiej formie Eugene, nazywając go „Gene” i przy takiej formie pozostał już do końca życia. Doceniając jego znajomość języków niemieckiego, rosyjskiego i angielskiego Amerykanie natychmiast zaproponowali mu funkcję tłumacza. Został skierowany do kwatery głównej kontrwywiadu (Counter Intelligence Corps) XX Korpusu 3 Armii gen. George’a Pattona, ulokowanej w Gmunden, gdzie miał pracować jako tłumacz dla agentów zajmujących się zatrzymanymi nazistami w ramach prowadzonej denazyfikacji. Z czasem, dysponując nie tylko znajomością języków, ale też wiedzą i doświadczeniem dotyczącym struktur służb III Rzeszy, został agentem CIC i podjął prowadzenie operacyjnej działalności wywiadowczej. Dokonywał zatrzymań byłych funkcjonariuszy nazistowskich i prowadził ich przesłuchania.