Nauczyciele brali udział w tajnym nauczaniu zapoczątkowanym przez profesorów Kazimierę Białek, Czesława Janika i Irenę Puszyńską, a zarówno wychowankowie, jak i nauczyciele walczyli na wszystkich frontach II wojny, ginąc zarówno w niemieckich, jak i w sowieckich katowniachWięcej na temat wojennych losów szkoły, jej wychowanków oraz nauczycieli w Księdze Pamiątkowej Szkoły Realnej, Państwowego Gimnazjum i Liceum Ogólnokształcącego im. Mikołaja Kopernika w Żywcu 1904-1959 oraz w Księdze Jubileuszowej 100–lecia Szkoły 1904 – 2004..
Polska Rzeczpospolita Ludowa Szkoła rozpoczęła działalność tuż po wyparciu Niemców przez Sowietów z Żywca – w połowie kwietnia 1945 roku. Pierwszy powojenny rok trwał do 15 sierpnia 1945 roku, zajęcia odbywały się w budynku szkoły pożydowskiej w Zabłociu, gdyż gmach Gimnazjum wymagał remontu. Wznowienie nauki nastąpiło we wrześniu w macierzystym budynku pod zmienioną nazwą: Państwowe Gimnazjum i Liceum w Żywcu. Zasadnicza zmiana organizacyjna nastąpiła w 1949 roku, kiedy to utworzono 11-letnią szkołę ogólnokształcącą (siedmioletnia szkoła podstawowa i czteroletnie liceum ogólnokształcące).