Klasyfikacja Przynależność do rodziny karpiowatych była różnie ujmowana w historii. Na początku XXI w. była uznawana za najliczniejszą w gatunki rodzinę kręgowców. W 2014 roku , William Eschmeyer i opublikowali ówcześnie akceptowany system, w którym dzielono ją na podrodziny:
Danioninae
kilkanaście rodzajów incertae sedis (bez przypisania do podrodziny).
W następnych latach część z tych rodzin podniesiono do rangi rodziny (np. , , , ) jednocześnie wyróżniając nowe podrodziny. Przy tym ujęciu w 2025 roku w bazie Catalog of Fishes rodzina karpiowatych dzieliła się na podrodziny:
. W tym ujęciu baza ta uznawała wówczas za potwierdzone 1799 gatunków zebranych w 168 rodzajów.
W bazie Catalog of Fishes w 2025 zaliczano do niej następujące podrodziny i rodzaje: Acrossocheilinae Acrossocheilus Folifer Onychostoma Barbinae Aulopyge Barbus Caecocypris Capoeta Cyprinion Kantaka Luciobarbus Paracapoeta Scaphiodonichthys Schizocypris Semiplotus Cyprininae Aaptosyax Albulichthys Amblyrhynchichthys Balantiocheilos Carassioides Carassius Cosmochilus Cyclocheilichthys Cyclocheilos Cyprinus Discherodontus Eirmotus Hypsibarbus Kalimantania Laocypris Luciocyprinus Mystacoleucus Neobarynotus Parasikukia Paraspinibarbus Parator Poropuntius Procypris Pseudosinocyclocheilus Puntioplites