Od powołania w 1940 r. Waffen-SS struktura organizacyjna SS podzieliła się na dwie zupełnie różne od siebie części: ogólną SS (Allgemeine SS) – stanowiła rodzaj rezerw osobowych SS (każdy członek SS musiał mieć numer Allgemaine SS, ale nie każdy członek Allgemaine SS był funkcjonariuszem rozbudowanych struktur SS). wojskową SS (Waffen-SS)
W 1944 r. cała aktywność organizacji wewnątrz i na zewnątrz Niemiec kierowana była przez 12 głównych urzędów SS: