Narodziny Tsukuyomiego Według Kojiki Tsukuyomi narodził się, gdy Izanagi przemywał prawe oko w trakcie oczyszczania się w wodzie morskiej po ucieczce z Krainy Ciemności. W Nihon-shoki natomiast bóg księżyca przyszedł na świat zaraz po tym, jak uformowały się japońskie wyspy, i był jednym z trójki pierwszych bóstw, które zrodziły się z ciała Izanami. Tsukuyomi był jednym z Trojga Szlachetnych Dzieci, bratem Amaterasu i Susanoo.
Relacje z rodzeństwem Tsukuyomi był bratem Amaterasu, bogini słońca. W przeciwieństwie do Susanoo nie kwestionował on prawa siostry do rządzenia na Wysokiej Równinie Niebios. Pewnego dnia bogini słońca wysłała Tsukiyomiego do bogini pożywienia o imieniu Ukemochi. Ta chcąc ugościć boga księżyca, zaczęła wyjmować różne pokarmy ze swojego ciała. Pożywienie, które cudownie się pojawiło, zostało rozłożone na stu ofiarnych stołach. Jednak brat Amaterasu był wściekły – uznał bowiem, że boska gospodyni obraziła go, podając mu jedzenie, które zwymiotowała – i zabił ją. Gdy powrócił do swojej siostry, opowiedział jej całe zajście, a ta rozzłoszczona kazała mu odejść i nigdy nie wracać – w ten sposób Japończycy wyjaśnili sobie, dlaczego słońce i księżyc nigdy nie pojawiają się razem na niebie.