Ostatni album Henry Cow Western Culture zawierał całą stronę jej kompozycji. Gdy grupa podczas nagrywania tego albumu podzieliła się na frakcje, razem z Timem Hodgkinsonem tworzyła frakcję instrumentalistów, podczas gdy Fred Frith, Chris Cutler i Dagmar Krause pragnęli albumu wokalno-instrumentalnego. Ten rozłam, chociaż nie skłócił muzyków, spowodował zakończenie działalności Henry Cow we wrześniu 1978 r.
We wrześniu 1978 r. Cooper została członkiem grupy National Health, prowadzonej przez jej długoletniego przyjaciela klawiszowca Dave’a Stewarta a następnie grała krótko w zespole Billa Bruforda.
Lata 80. W pierwszej połowie lat 80. Cooper prowadziła kilka projektów równocześnie. Kontynuowała działalność w Feminist Improvising Group (do 1982 r.), była członkiem Mike Westbrook Band (1979-1983), Maarten Altena Octet (1981–1984) i grupy Davida Thomasa (z Pere Ubu) The Pedestrians (1982–1985).
Od 1982 r. prowadziła własny zespół Lindsay Cooper Film Music Orchestra. Napisała wówczas wiele opraw muzycznych do filmów i dla TV, m.in. do filmu The Gold Diggers (1983) w reż. Sally Potter i z Julie Christie w roli głównej.
Zajęła się także komponowaniem dla baletu i teatru (m.in. program baletowy Face on Maedee Dupres).