W czasie kampanii wrześniowej 1939 – po agresji ZSRR na Polskę – w nieznanych okolicznościach trafił do niewoli radzieckiej. Początkowo był przetrzymywany w Wołoczyskach, pocieszając w tym czasie duchowo polskich żołnierzy. Następnie więziony w obozie w Kozielsku. W tym samym roku, w Wigilię Bożego Narodzenia wywieziony został z obozu. Przewieziono go do Kalinina (obecnie Twer) i tam zamordowano, a następnie pochowano w Miednoje.
W sierpniu 1941 biskup Józef Gawlina, nie wiedząc o tragicznej śmierci prałata, mianował go wikariuszem generalnym Armii Polskiej w ZSRR.Postanowieniem nr 112-48-07 Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego z 5 października 2007 został awansowany pośmiertnie do stopnia generała brygady. Awans został ogłoszony 9 listopada 2007 w Warszawie, w trakcie uroczystości „Katyń Pamiętamy – Uczcijmy Pamięć Bohaterów”.