Brescia Calcio Do Brescii Hamšík przeszedł za 500 tysięcy euro i podpisał z tym klubem pięcioletni kontrakt. Wcześniej słowacki piłkarz odrzucił ofertę przedłużenia umowy ze Slovanem. W Serie A Hamšík zadebiutował 20 marca 2005 roku w przegranym 1:3 spotkaniu z Chievo Werona, kiedy to na boisku pojawił się w 65 minucie. W dniu debiutu miał 17 lat i 237 dni. Był to jedyny występ Słowaka w sezonie 2004/2005. Brescia w końcowej tabeli zajęła dziewiętnaste miejsce i spadła do drugiej ligi.
W sezonie 2005/2006 Hamšík rozegrał dla Brescii 24 ligowe pojedynki – 13 razy rozpoczynał mecz w podstawowej jedenastce i 11 razy wchodził na boisko z ławki rezerwowych. Brescia w Serie B uplasowała się na dziesiątej pozycji. W Pucharze Włoch dotarła do 1/8 finału, w którym została wyeliminowana przez AC Milan. W rewanżowym spotkaniu (przegrana 3:4) Hamšík strzelił swojego pierwszego gola dla Brescii.