We wrześniu 1939 r. samoloty tego typu, należące do 3./Kü.Fl.Gr.506 i 3./Kü.Fl.Gr.706., zatopiły polski stawiacz min ORP "Gryf", brały też udział w nalotach na Westerplatte. Podczas kampanii norweskiej, wodnosamoloty z grupy transportowej z.b.V 108 transportowały sprzęt i żołnierzy. 10 maja 12 samolotów z tej grupy wzięło udział w inwazji na Holandię, transportując 90 spadochroniarzy z 11. kompanii, 16. pułku spadochronowego 7. Flieger-Division pod Nieuwe Maas, by zająć mosty.
Część samolotów służyła w lotnictwie ratowniczym (Seenotdienst). Oznaczone symbolami Czerwonego Krzyża i pomalowane na biało, działające nad Kanałem La Manche, były zwalczane przez brytyjskie samoloty myśliwskie. Docierały one do zestrzelonych nad wodą pilotów szybciej, niż łodzie ratownicze Coastal Command. Jako pretekst, wykorzystano przypadek jednego zestrzelonego w lipcu 1940 r. samolotu, gdzie znaleziono zapiski z pozycjami przepływających statków. Brytyjczycy uznali to za szpiegostwo i Ministerstwo Lotnictwa nakazywało niszczenie niemieckich samolotów ratunkowych. Niemcy próbowali protestować i powoływać się na Konwencję Genewską, jednak Brytyjczycy nie zmienili swojego postępowania. W odpowiedzi na ataki, Niemcy zaczęli uzbrajać samoloty ratownicze, latające od teraz pod osłoną myśliwską, a samoloty zostały przemalowane na wojenny kamuflaż.