Historię włączono w zakres nauk humanistycznych i dano możliwość studiów licencjackich, teologię zaś przestano wykładać jako przedmiot dyplomowy w 1988 roku.
W 1986 na Uniwersytecie pojawiło się dwóch nowych profesorów: (folklor) oraz (języki nordyckie, szczególnie język farerski). Trzy lata później szeregi zasilił jeszcze dr wykładowca historii powszechnej i Wysp Owczych oraz dr , aktualny rektor i wykładowca antropologii i historii cywilizacji. Od 1991 naucza jeszcze Ph.D. Magnus Danielsen inżynierii elektrycznej.
Fróðskaparsetur Føroya uzyskał tytuł uniwersytetu dopiero w 1990, jednak już trzy lata wcześniej weszła w życie ustawa normująca jego działanie. Poprawiono ją jeszcze w 1995, gdy upraszczano struktury uniwersytetu. Miał on bezpośrednio podlegać rządowi Wysp Owczych. Na czele uniwersytetu od tamtej pory miał stać rektor stojący na czele Rady Uniwersytetu i komitetów wydziałowych. Zadaniem rektora jest codzienna odpowiedzialność zarządzania uczelnią, w czym pomaga mu zarząd, na którego czele stoi archiwista.
W okresie 1993–95 wprowadzono jednoroczne kursy z ekonomii, handlu, języków obcych oraz socjologii. Było to spowodowane kryzysem gospodarczym jaki nawiedził Wyspy Owcze w tych latach.