W ostatnich latach wzrastający poziom usług przedsiębiorstw PKS oraz trudności (zwłaszcza finansowe) spółki Polski Express, jak też jej zła polityka marketingowa, doprowadziły do zapaści przedsiębiorstwa, przejawiającej się w likwidacji połączeń, zaleganiu z opłatami oraz przejmowaniu autobusów przez wierzycieli. W 2005 spółka znalazła się na liście podmiotów, którym udzielono pomocy publicznej. Mimo tych problemów, w 2007 firma uzyskała certyfikat ISO 9001-2000. W 2008 spółka popadła w duże długi, co stało się powodem licznych procesów sądowych ze strony pracowników, którym nie wypłacono należnych pensji oraz sukcesywnego przejmowania autobusów przez firmy leasingujące. Na początku 2009 Polski Express zakończył działalność z powodu niewypłacalności. Przewozy na liniach: do Bydgoszczy i Kołobrzegu oraz sezonowej do Krynicy Morskiej, jak też obiekty przeznaczone do obsługi pasażerów przejął dotychczasowy podwykonawca, Raf Trans.
Świadczone usługi Firma świadczyła usługi w zakresie dalekobieżnych przewozów autobusowych na liniach: Warszawa-Bydgoszcz-Szczecin/Kołobrzeg Warszawa-Białystok Warszawa-Lublin-Rzeszów (do Rzeszowa jeden kurs