Działalność po 2002 W lutym 2004 Jacques Chirac za przyzwoleniem kanclerza Gerharda Schrödera zaproponował Stoiberowi stanowisko przewodniczącego Komisji Europejskiej, które ten jednak odrzucił. Na początku 2004 był on również uznawany za pretendenta do urzędu prezydenta RFN, zrezygnował jednak z kandydowania.

Był desygnowanym ministrem gospodarki w gabinecie Angeli Merkel. 1 listopada 2005 zdecydował się jednak zrezygnować z tego stanowiska. Jako uzasadnienie podał zapowiedzianą rezygnację Franza Münteferinga z przewodniczenia SPD. Z powodu swego zwlekania i niezdecydowanej postawy względem przystąpienia do rządu został skrytykowany również w CSU. Żądano tam zmiany polityki, gdyby Stoiber w Monachium odważył się na nowy początek; premier znów miał zapewnić sobie zaufanie wyborców.

Sprawowane urzędy Edmund Stoiber jest od 1974 członkiem bawarskiego Landtagu.

Od początku lat 90. XX w. jednym z jego długofalowych celów jest wspieranie politycznego narybku. Bardziej znani ze specjalistów wprowadzonych przez niego do polityki – przede wszystkim posłowie i przedstawiciele polityki gospodarczej oraz społecznej – są określani mianem „Grupy 94”.