Działalność Konserwatorium przerwał wybuch II wojny światowej.
Lata 1945–1990 Po II wojnie światowej Irena Kurpisz-Stefanowa rozpoczęła odbudowę szkoły muzycznej, która odtąd działała jako Instytut Muzyczny. Większość nauczycieli Konserwatorium zginęło podczas wojny lub opuściło Toruń. Na miejscu pozostali wyłącznie Feliks Tomaszewski i Jerzy Stefan. W sierpniu 1945 roku szkoła przeniosła się do budynku przy ul. Adama Mickiewicza 28. Należące do Konserwatorium instrumenty zostały zniszczone. Pomimo trudności szkoła wznowiła działalność. Zaczęła pozyskiwać nowe instrumenty muzyczne, zatrudniła nowych pedagogów i rozpoczęła remont nowej siedziby.
W marcu 1947 roku placówka dzieliła się na dwie szkoły: Szkołę Muzyczną (niższego stopnia, dyrektor Feliks Tomaszewski) oraz Instytut Muzyczny (średniego stopnia, dyrektor Irena Kurpisz-Stefanowa). Obie szkoły mieściły się w budynku przy ul. Adama Mickiewicza 28. W marcu 1948 roku Szkołę Muzyczną przekształcono w Państwową Niższą (Podstawową) Szkołę Muzyczną (PNSM), a Instytut Muzyczny w Państwową Średnią Szkołę Muzyczną im. Karola Szymanowskiego (PŚSM). Od 1949 roku kierownikiem PŚSM była Helena Gawrońska-Łukowicz. W tym samym roku na terenie szkoły działał Ośrodek Upowszechniania Muzyki.