Kolejnym zagrożeniem byli trzej stryjowie Amyntasa (przyrodni bracia Filipa i Perdikksa) Archelaos, Arridajos i Menelaos korzystający z poparcia Związki Chalkidyckiego. Jednak zajęty w tym czasie związek nie mógł udzielić im należytego wsparcia, dzięki czemu nie stanowili oni w tym momencie znaczącego zagrożenie. Dzięki zażegnaniu najpilniejszych problemów Filip mógł skupić się na przygotowaniach do odparcia spodziewanego najazdu Ilirów. Na miejsce poległych żołnierzy zaciągnął nowych, których zaczął szkolić w posługiwaniu się nową, wymyśloną przez siebie bronią - sarisą. Gdy w 358 nadeszły wieści o śmierci pajońskiego króla Filip wyprawił się na czele armii i podbił jego królestwo. Następnie zaatakował Ilirów, których pokonał w bitwie pod Linksos.
Zwycięstwo zaowocowało przyłączeniem do Królestwa Macedonii (niziny) terenów Górnej Macedonii (wyżyny) co dwukrotnie zwiększyło obszar państwa. Następnego roku Filip interweniował w Tesalii, z którą się sprzymierzył w roku 357 lub rok wcześniej poślubiając Olimpias, bratanicę króla Epiru Arybbasa co miało stanowić przypieczętowanie sojuszu między obu państwami. W tym samym roku Filip rozpoczął oblężenie Amfipolis.