[…] Awangardowa forma slajdów z kosmosu nie jest przypadkowa: w akcie zniszczenia pobrzmiewa los prześladowanej w III Rzeszy „sztuki zdegenerowanej” (Chagalla, Dixa, Grosza, Kandinsky'ego, Kleego...).Radosław Pisula zauważał, że Akademia pana Kleksa łączy w sobie liczne odwołania do różnych gatunków filmowych: fantasy (udział baśniowych postaci paradujących wespół z Kaczorem Donaldem i Myszką Miki), horroru i science fiction (stwarzanie Adolfa przez Filipa Golarza jako czytelna aluzja do Metropolis i Frankensteina) oraz musicalu (obecność choreografii i licznych utworów muzycznych).
Zdaniem Karoliny Kosińskiej Akademia pana Kleksa zasługuje na odczytanie również jako baśń dla dorosłych. Adaś, naznaczony piętnem „inności”, odnajduje się we wspólnocie szkolnej złożonej z samych chłopców, w czym Kosińska odnajdywała podteksty homoerotyczne. Ponadto według badaczki w filmie pojawiają się aluzje do uzależnień narkotycznych (Kleks uzależniony od piegów dostarczanych mu przez Filipa, oniryczna animowana sekwencja snu Adasia), zagrożenia faszyzmem (brutalny atak wilkołaków na Bajdocję, makiaweliczne poczynania Filipa) oraz ironicznej estetyki kampu. Również Marian Bogucki twierdził, że Akademia pana Kleksa jako „autotematyczny film o katastrofie filmowego świata i wyczerpaniu się gatunków filmowych” miała ambicje wyrastające poza kino familijne.
Znaczenie