10 marca 1939 dowódca KOP wydał zarządzenie L. 1514/tj.Og.Org./39 Reorganizacja kwatermistrzostw oraz inne zmiany organizacyjne, na podstawie którego:
z dniem 1 kwietnia: zlikwidowano kwatermistrzostwo pułku KOP „Wilno”, a jego dowództwo przydzielono pod względem gospodarczym do baonu KOP „Nowe Święciany”; w baonie KOP „Nowe Święciany” zlikwidowano podkwatermistrzostwo, a utworzono kwatermistrzostwo; do baonu przydzielono pod względem gospodarczym dowództwo pułku KOP „Wilno”; w baonie KOP „Troki” zlikwidowano podkwatermistrzostwo, a utworzono kwatermistrzostwo; do baonu przydzielono pod względem gospodarczym: Komendę Rejonu PW „Wilno”, inspektora północnej grupy szwadronów kawalerii i lekarza weterynarii północnego rejonu weterynarii; w baonie KOP „Niemenczyn” zlikwidowano podkwatermistrzostwo, a utworzono kwatermistrzostwo; jednostki administracyjne pułku KOP „Wilno” przeszły na gospodarkę według przepisu „Gospodarka w Oddziałach KOP” (O.G.–KOP) i otrzymały charakter oddziałów gospodarczych (szczegółowe zarządzenia co do sposobu przejścia z dotychczasowej gospodarki na gospodarkę wg przepisu O.G.–KOP regulował rozkaz KOP nr 100-320/Int.Og./39 z 28 lutego); ustanowiono nowy etat dla pułku KOP „Wilno”, który obowiązywał do 15 maja, bez składu osobowego kwatermistrzostwa pułku, które zostało zlikwidowane z dniem 31