Flotylla U-Bootów (), flotylla okrętów podwodnych – jednostka taktyczna wyższego szczebla w Kriegsmarine. W latach 1935–1945 sformowano ogółem 31 flotylli (15 bojowych i 16 szkolnych). Bazy niemieckich okrętów podwodnych i ich flotylli znajdowały się początkowo w portach niemieckich, później dzięki podbojom, bazy były zakładane także na zajętych terenach poza terytorium III Rzeszy. Ważniejsze bazy poza granicami III Rzeszy lub na terenach anektowanych: Wolne Miasto Gdańsk Litwa – Kłajpeda (anektowana w marcu 1939) Polska – Hel (zdobyta w październiku 1939) Rumunia – Konstanca (udostępniona przez Rumunię) Francja – Brest, Lorient, Saint-Nazaire, Bordeaux, Marsylia Włochy – La Spezia, Pula (obecnie Chorwacja) (udostępnione przez Włochy) Grecja – Salamina (zdobyta w kwietniu 1941) Łotwa – Lipawa - (zajęta w czerwcu 1941) Malezja – Penang (udostępniona przez Japonię).
Flotylle bojowe
1. Flotylla U-Bootów „Weddigen”
Nazwana na cześć kapitana marynarki (Kapitänleutnant) Otto Weddigena, dowódcy okrętów podwodnych z okresu I wojny światowej, wsławionego zatopieniem trzech brytyjskich krążowników.