3. Flotylla U-Bootów Utworzona 4 października 1937 z bazą w Kilonii, następnie w La Rochelle, zlikwidowana w grudniu 1939, ze względu na małą efektywność (liczyła 8 okrętów), reaktywowana w marcu 1941. Została zlikwidowana ostatecznie po lądowaniu w Normandii, w październiku 1944.
Należało do niej 108 okrętów typu: IIB (8), IID (5), VIIB(1), VIIC (90).
Dowódcy flotylli: Kptlt. Hans Eckermann (październik 1937 – grudzień 1939) Korvkpt. Hans-Rudolf Rösing (marzec 1941 – lipiec 1941) Kptlt. Herbert Schultze (lipiec 1941 – marzec 1942) Kptlt. Heinz von Reiche (marzec 1942 – czerwiec 1942) Korvkpt. Richard Zapp (czerwiec 1942 – październik 1944)
Dowódcy okrętów: Korvkpt. Peter-Erich Cremer Kptlt. Heinz-Otto Shultze Korvkpt. Helmut Möhlmann
5. Flotylla U-Bootów Utworzona 1 grudnia 1938 w Kilonii, zlikwidowana pod koniec 1939; została reaktywowana w 1941 jako flotylla treningowa.
Należało do niej 7 okrętów typu IIC (7).
Dowódca flotylli: Kptlt. Hans-Rudolf Rösing (grudzień 1938 – grudzień 1939)
6. Flotylla U-Bootów „Hundius” Źródło6.