Utworzona 25 czerwca 1938 w Kilonii, przeniesiona później do Saint-Nazaire, zlikwidowana w sierpniu 1944 (okręty popłynęły do Norwegii dołączając do istniejących tam flotylli). W latach 1940–1944 6. i 7. Flotylla odbyły z Saint-Nazaire aż 388 patroli zatapiając 154 statki i okręty aliantów. 7. Flotylla była jedną z najskuteczniejszych. Zawdzięczała to dowódcom takim jak: Fregkpt. Otto Kretschmer Korvkpt. Günther Prien Kptlt. Joachim Schepke Fregkpt. Erich Topp
Należało do niej 110 okrętów typu: VIIB (19), VIIC (89), VIIC/41(1), U-A (1).
Dowódcy flotylli: Korvkpt. Ernst Sobe (czerwiec 1939 – grudzień 1939) Korvkpt. Hans-Rudolf Rösing (styczeń 1940 – maj 1940) Kptlt. Herbert Sohler (maj 1940 – luty 1944) Korvkpt. Adolf Piening (marzec 1944 – maj 1945)
9. Flotylla U-Bootów Utworzona na początku 1942 (zdecydowano o tym jesienią 1941 w Breście (pierwszy port U-Bootów z bunkrami o betonowej konstrukcji, odpornymi na bomby lotnicze). Przez cały okres 1 i 9 flotylla odbyły z tego portu 329 patroli. Ostatni okręt wypłynął z Brestu 4 września 1944 udając się (jak wszystkie pozostałe) do Bergen. 15 dni później do portu wkroczyły wojska amerykańskie.
Należały do niej 84 okręty typu: VIIC (73), VIIC/41 (5), VIID (6).