Koniugacja – proces poziomego transferu genów u niektórych bakterii polegający na bezpośrednim przekazywaniu DNA z jednej komórki do drugiej, kiedy wchodzą one ze sobą w kontakt za pośrednictwem pilusów, czyli cienkich mostków cytoplazmatycznych. Po wymianie materiału genetycznego organizmy rozłączają się i dzielą. Koniugacja najbardziej przypomina proces płciowy występujący u Eukaryota. Została opisana po raz pierwszy w 1946 roku przez amerykańskiego genetyka Joshua Lederberga. Dalsze badania nad koniugacją doprowadziły do zebrania znacznej ilości danych na jej temat.
Mechanizm thumb|300px|Schemat przedstawiający koniugację bakterii
Diagram przedstawiający kroki koniugacji
Komórka dawcy wytwarza pilus. Pilus przyczepia się do komórki biorcy i łączy obie komórki. Koniugacyjny plazmid jest nacinany, a następnie pojedyncza nić DNA jest przenoszona do komórki biorcy. Obie komórki syntetyzują komplementarną nić, aby wytworzyć dwuniciowy kolisty plazmid i potem generować nowe pilusy. Obie komórki mogą być od teraz dawcami.