W trzy dni później pojawili się Portugalczycy z listem gubernatora Moluków, który domagał się wyjaśnień, co robi flota hiszpańska na jego terenie. López de Villalobos odpowiedział listem datowanym 9 sierpnia, że Hiszpanie są w prawie, bowiem linia demarkacyjna nie została przekroczona.
27 sierpnia San Juan, z Bernardo de la Torre jako kapitanem, wysłany został do Meksyku ze sprawozdaniem z dotychczasowych dokonań wyprawy. Torre popłynął na północny wschód wzdłuż archipelagu Marianów. Pomiędzy 24 a 27 stopniem szerokości geograficznej północnej zaobserwował dwie grupy niewielkich wysp – obecne archipelagi Kazan i Ogasawara. Wkrótce potem jednak dostał się w strefę sztormów i był zmuszony zawrócić.
Villalobos opuścił Sarranggani by udać się ze swymi ostatnimi dwoma okrętami na Leyte, ale i tym razem plany pokrzyżowały przeciwne wiatry. San Juan i San Cristobal w kwietniu 1544 dotarły do wyspy Samar, gdzie nadano całemu archipelagowi nazwę Las Islas Felipinas na cześć króla Filipa II. Atakowany przez nieprzyjaznych krajowców, trapiony głodem i postradawszy przedostatni okręt, López de Villalobos zmuszony został do porzucenia swych osad na wyspach i zakończenia ekspedycji.