Istotne znaczenie miały też rozbieżności kulturowe, liturgiczne i organizacyjne. Spór dotyczył praktyk religijnych. Zastrzeżenia budziło używanie podczas eucharystii niekwaszonego chleba przez Kościół zachodni. Konstantynopol uznał to za nieortodoksyjne. Z kolei Rzym potępiał brak celibatu w Kościele wschodnim. Dystans zwiększały różnice językowe. Szczególna niechęć duchowieństwa zachodniego dotyczyła dopuszczania lokalnych języków w czasie pracy misyjnej wśród Słowian. Gdy na synodzie w Toledo w roku 589 do nicejskiego wyznania wiary dopisano, że Duch Święty pochodzi nie tylko od Ojca, ale i Syna, dyskusja objęła kwestie doktryny. Spór o filioque zaostrzył i tak napięte stosunki między chrześcijanami ze Wschodu i Zachodu.
Nakreślony obraz nie oznacza, że w tym czasie nie istniała żadna współpraca między Konstantynopolem a Rzymem. Nadal istniała świadomość przynależności do jednego Kościoła. Kiedy w połowie dwaj greccy mnisi Cyryl i Metody zostali wysłani przez cesarza bizantyjskiego, by nawracać Słowian, odbywali tę misję pod patronatem papieża. I odwrotnie – Bruno z Kwerfurtu, szerząc chrześcijaństwo wśród Pieczyngów, korzystał z pomocy księcia ruskiego, ochrzczonego w obrządku greckim. Duchowieństwo spotykało się na synodach.