Gleby Pokrywa glebowa jest zróżnicowana. W górach występują gleby bielicowe, zaś zbocza i wierzchowiny pokrywają płytkie gleby szkieletowe. W kotlinach, na rzecznych i w jeziornych osadach, występują żyzne smolnice, które dawniej miały postać czarnych gleb bagiennych. W dolinach rzek występują aluwia. Niektóre kotliny Macedonii Północnej jak np. Owcze Pole są pokryte glebami o dużej zawartości soli.
Flora Występuje piętrowość roślinna. Tereny nisko położone pokryte są roślinnością o cechach stepowych. Od wysokości 700–800 m n.p.m. rosną niewielkie formacje leśne złożone z dębów, grabów i kasztanów. Zwarte i duże formacje leśne rosną na wysokością przekraczających 1000 m n.p.m. czyli na terenach o większych opadach. Tereny gór średnie zawierają gatunki liściaste jak brzozy i buki, zaś wyżej obszar przechodzi w strefę iglastą. Lasy iglaste wyższych partii gór reprezentują jodły, a poza nimi rosną pozostałości borów sosnowych i karłowate sosny. Wyżej lasy przechodzą w łąki górskie. W zachodniej części kraju lasy składają się głównie z buków i dębów, ze względu na wyższe opady. Na wschodzie, gdzie jest bardziej sucho, rosną lasy sosnowe z domieszką dęba. Ogólnie obszary leśne zajmują 1/3 powierzchni kraju.