W sezonie 1989/1990 piłkarze awansowali do Klasy Okręgowej, a dwa lata później do Klasy Makroregionalnej. Celem drużyny był awans do III ligi, ale czwarte miejsce na koniec sezonu nie zadowoliło nikogo. Jednak nie wszystko było stracone. „Kotwica” Kórnik grająca w III lidze borykała się z problemami finansowymi. Dzięki porozumieniu działaczy z Środy i Kórnika piłkarze „Polonii” w kolejnym sezonie wystartowali już w III lidze. Drużyna w sezonie 1993/1994 wstępowała pod nazwą „Kotwica-Polonia” Środa. Średzianie zadebiutowali w rozgrywkach 8 sierpnia 1993 roku na własnym boisku przeciwko zespołowi Darzbór Szczecinek. Po bramkach Marcina Lecieja i Dariusz Dukarskiego spotkanie zakończyło się wygraną gospodarzy 2-0. Pobyt „Polonii” w III lidze trwał cztery sezony. Po spadku do IV ligi drużyna zajmowała czołowe miejsca, ale dopiero w 2002 roku udało się wywalczyć pierwszą lokatę w tabeli, która dawała prawo gry w barażach. Przeciwnikiem średzian była drużyna Tura Turek. Pierwszy mecz rozegrany w Środzie zakończył się remisem 1-1, a drugi porażką 0-2. W sezonie 1999/2000 poloniści zdobyli Okręgowy Puchar Polski. W finale, który odbył się 31 maja 2000 roku w Luboniu, „Polonia” pokonała po golach Marcina Lecieja i Krzysztofa Nowaczyka rezerwy Lecha Poznań 2-1.