Znalazł się w obsadzie dwóch filmów Michaela Winterbottoma – adaptacji książki Thomasa Hardyego Więzy miłości (Jude, 1996) w roli biednego kamieniarza zmuszonego poślubić córkę bogatego farmera (Kate Winslet), za którą był nominowany do Nagrody Satelity dla najlepszego aktora w filmie dramatycznym, oraz melodramacie Z tobą lub bez ciebie (With or Without You, 1999) jako małżonek uprawiający miłość z żoną wyłącznie w celu prokreacyjnym.
W 2000 powrócił na londyńską scenę w spektaklu Augusta Strindberga Panna Julia (Miss Julie). Za rolę Joego Broughtona w telewizyjnym dramacie BBC Ciało i krew (Flesh and Blood, 2002) został uhonorowany nagrodą Royal Television Society.
19 września 2019 ukazała się autobiografia Ecclestona I Love the Bones of You.
Filmografia Filmy fabularne Rok Film Rola Reżyser1994Płytki grób (Shallow Grave) David Stephens Danny Boyle1996Więzy miłości (Jude) Jude Fawley Michael Winterbottom 1998Królowa Elżbieta (Elizabeth) Thomas Howard (4. książę Norfolk)Shekhar Kapur1999eXistenZ Levi David Cronenberg200060 sekund (Gone in Sixty Seconds) Raymond Vincent CalitriDominic Sena2001Inni (The Others) Charles Stewart Alejandro Amenábar2002Księga Diny (I Am Dina) Leo ZhukovskyOle Bornedal28 dni później (28 Days Later...) major Henry West Danny Boyle2009G.I. Joe: Czas Kobry (G.I.