Harem Harem był miejscem, gdzie mieszkała sułtanka matka, sułtan oraz żony sułtana. Składa się z dwóch części: jedna wychodzi na morze, druga na ogrody. Harem jest połączony z Selamlık poprzez Salę Ceremonii. Pokoje haremu są ułożone w jednej linii, oddzielone sofami, czyli długimi pokojami przypominającymi hole. Istnieje mało źródeł dotyczących haremu, ponieważ były to prywatne pokoje sułtana. Część zamieszkiwana przez matkę sułtana i samego sułtana zwana była Harem-i Hümayun, natomiast sekcja zamieszkiwana przez żony: Daire-i Hümayun. Apartament głównej żony jest najbardziej prestiżowym apartamentem, jednak jego wystrój jest o wiele uboższy niż apartamenty sułtana i matki sułtana. Na parterze powtórzony jest rozkład z piętra. Parter zamieszkiwali służący, konkubiny i dzieci sułtana, służył również do ogólnego użytku. Korytarze są poprzedzielane ciężkimi metalowymi i drewnianymi drzwiami. Łączą część Selamlık z Haremem. Część korytarzy znajdująca się w Selamlık była strzeżona. Na ścianach znajdują się cenne obrazy. thumb|left|Różowy Hol Czerwony Pokój. Sala audiencyjna, w której przyjmowano zagraniczne poselstwa. Dookoła znajdują się poczekalnie. Pokój został zaprojektowany przez francuskiego artystę Sechana. Sufit został zaprojektowany w kształt kopuły.