Wojna burska Gdy w 1899 w południowej Afryce wybuchła II wojna burska, Allenby został z powrotem przeniesiony do 6 Regimentu Dragonów w Queenstown. Po szybkiej organizacji regiment wysłano w rejon walk. 11 grudnia 1899 wylądował w Kapsztadzie. Allenby został zastępcą dowódcy regimentu i dołączył do Dywizji Kawalerii generała Johna Frencha. Broniąc północnej granicy Kolonii Przylądkowej, dywizja Frencha stosowała mobilną taktykę kawalerii i szybkimi rajdami stwarzała zagrożenie tyłom i flankom sił Burów. Allenby zyskał w tym czasie reputację odważnego dowódcy, a następnie otrzymał dowództwo szwadronu kawalerii. W dniu 14 stycznia 1900, podczas starcia pod Colesberg dowodził dwoma szwadronami kawalerii, dwoma kompaniami piechoty i jednostką artylerii. Allenby uniknął odcięcia swoich oddziałów przez przeważające siły przeciwnika, i zdołał wycofać się, zdobywając kilku jeńców. W lutym 1900 Dywizja Kawalerii wzięła udział w bitwie pod Paardeberg, doprowadzając do zniesienia blokady miasta Kimberley. W marcu, regiment Allenby’ego uczestniczył w ofensywie na Bloemfontein, zajmując kolejne miasta i wypierając siły Burów. Pod koniec miesiąca dowódca regimentu został odwołany do domu, i Allenby objął tymczasowe dowództwo. Jego regiment pełnił w tym czasie głównie zadania eskortowania konwojów.