Na podstawie ustaleń z 30 grudnia 1991 roku poszczególne państwa miały formować własne siły zbrojne w oparciu o jednostki stacjonujące na ich terytorium, lecz siły strategiczne miały znaleźć się pod wspólnym dowództwem Sił Zbrojnych Wspólnoty Niepodległych Państw. Spór powstał na tle przynależności Floty Czarnomorskiej, która miała główną bazę w Sewastopolu na terytorium Ukrainy i była przez Rosję uważana za związek operacyjno-strategiczny, który powinien pozostać pod jej faktyczną kontrolą za pośrednictwem WNP, natomiast Ukraina dążyła do jej przejęcia lub podziału. W 1992 roku zarówno Ukraina i Rosja próbowały formalnie podporządkować sobie Flotę Czarnomorską (5 kwietnia prezydent Ukrainy podpisał dekret przejęciu Floty Czarnomorskiej, a 7 kwietnia analogiczny dekret podpisał prezydent Rosji). Ostatecznie po kilkuletnich sporach i rozmowach, 28 maja 1997 Rosja i Ukraina zawarły porozumienie o podziale Floty Czarnomorskiej pomiędzy oba państwa, ratyfikowane przez parlamenty w 1999 roku. Proces ten został ukończony w 2000 roku.