Niektóre inne popularne programy serwerów SMTP to exim, Postfix, Qmail, MDaemon, GroupWise firmy Novell i Microsoft Exchange.
Protokół ten nie radził sobie dobrze z plikami binarnymi, ponieważ stworzony był w oparciu o czysty tekst ASCII. W celu kodowania plików binarnych do przesyłu przez SMTP stworzono standardy takie jak MIME. W dzisiejszych czasach większość serwerów SMTP obsługuje rozszerzenie 8BITMIME pozwalające przesyłać pliki binarne równie łatwo jak tekst.
SMTP nie pozwala na pobieranie wiadomości ze zdalnego serwera. Do tego celu służą POP3 lub IMAP.
Ograniczenia Jednym z ograniczeń pierwotnego SMTP jest brak mechanizmu weryfikacji nadawcy, co ułatwia rozpowszechnianie niepożądanych treści poprzez pocztę elektroniczną (wirusy komputerowe, spam). Żeby temu zaradzić stworzono rozszerzenie SMTP-AUTH, które jednak jest tylko częściowym rozwiązaniem problemu - ogranicza wykorzystanie serwera wymagającego autoryzacji do zwielokrotniania poczty. Nadal nie istnieje metoda, dzięki której odbiorca uwierzytelniłby nadawcę – nadawca może "udawać" serwer i wysłać dowolny komunikat do dowolnego odbiorcy.