dra Wacława Jezuska z Płocka pisał: „Gdy wrócę do mego Rypina, dokończę budowę swego gimnazjum”.
9 grudnia 1939 został skierowany do Oflagu IX C w Rottenburgu nad Fuldą, gdzie spotkał prawie wszystkich kapelanów wojskowych. Przebywał tam do połowy kwietnia 1940. Po zwolnieniu przez władze wojskowe, wraz z innymi duchownymi został następnie zatrzymany przez Gestapo w Kessel i wywieziony do obozu koncentracyjnego w Buchenwaldzie. Tam, jak napisał ks. K. Krzyżanowski, księży pozbawiono „munduru i brewiarza oraz mszy świętej i kaplicy. W ciągu tego czasu przeżywaliśmy wszystkie okropności życia obozowego, godzinami trwające apele w mroźnej mgle i wietrze, nie będąc pewni życia, ni dnia, ni godziny”. Po pewnym czasie księży skierowano do ciężkiej pracy. W tym momencie przyszło osłabienie fizyczne i załamanie psychiczne ks. Czesława. Jedynie „modlitwa była mu wtedy pokrzepieniem, a odmawiał ją, jak wielu księży kapelanów, na pięciu paciorkach różańca zrobionego ze znalezionego sznurka”.