W XVI w. przebudowano okna i portal południowy. Po zajęciu Kolonii przez Francuzów w 1794, klasztory zostały rozwiązane, a protestanci uzyskali swobodę wyznania. Przedtem odbywał się jedynie tajne nabożeństwa ewangelickie lub trzeba było udawać się na tereny innych księstw niemieckich – do położonego po drugiej stronie Renu Mülheim (obecnie dzielnica Kolonii) w księstwie Bergu i do niedalekiego Frechen w księstwie Jülich. Kościół antonitów z częścią zabudowań poklasztornych został przekazany protestantom 6 sierpnia 1802, jako ich pierwsza świątynia w mieście. Do 1805 wnętrze gruntownie przekształcono, ustawiając ołtarz połączony z amboną, usuwając część filarów międzynawowych i wstawiając drewniane empory dla pomieszczenia na małej powierzchni jak największej liczby uczestników nabożeństw (w ten sposób uzyskano aż 800 miejsc). Pod koniec XIX w., gdy w mieście – od 1815 należącym do Królestwa Prus – istniała już wystarczająca liczba miejsc kultu, empory usunięto i zrekonstruowano pierwotną dyspozycję przestrzenną. W 1896 okna w nawach bocznych otrzymały neogotyckie maswerki.