Podczas ucieczki ginie Karubi, zabity przez Pułkownika Attara (Michael Clarke Duncan). Uciekinierzy uprowadzają handlarza ludzkich niewolników - Limbo (Paul Giamatti). Za nimi w pościg ruszają Pułkownik Attar i Generał Thade (Tim Roth). Ten drugi dowiaduje się od umierającego ojca, że to ludzie niegdyś rządzili małpami i że dopiero Semos dał małpom władzę.
Tymczasem uciekinierzy wraz z Ari, jej służącym i Limbo docierają do tajemniczych ruin, które są ruinami stacji kosmicznej Oberon, liczące sobie kilka tysięcy lat. Tam Davidson dowiaduje się prawdy: małpy żyjące na planecie to w rzeczywistości potomkowie małp, na których przeprowadzono eksperymenty na Oberon. Małpy z Oberonu zbuntowały się przeciwko ludziom pod wodzą samca o imieniu Semos, wylądowały na planecie i przez następnych kilka tysięcy lat wytworzyły własną kulturę, tępiąc ludzi. Wkrótce uciekinierzy docierają do kryjówki buntowników. Dochodzi do otwartej walki między armią Thade'a i Attara a buntownikami. Bitwa długo nie może znaleźć rozstrzygnięcia (ginie m.in. służący Ari), aż w końcu na planecie ląduje statek kosmiczny z szympansem Peryklesem w środku. Małpy zaczynają oddawać mu pokłon, wierząc, że jest Semosem. Jedynie Thade domyśla się, że tak nie jest i rzuca się na Davidsona, temu udaje się go jednak pokonać.