Został aresztowany przez władze austriackie i pod zarzutem działalności antypaństwowej skazany na karę śmierci w 1916 roku, od której uratowała go ogłoszona amnestia.
W lutym 1918 roku doprowadził do zjednoczenia partii młodoczeskiej z staroczechami w Czeską Demokrację Państwowo–Prawną (w 1919 roku przekształciła się w Czechosłowacką Narodową Demokrację). W lipcu 1918 roku stanął na czele Czechosłowackiego Komitetu Narodowego, był jednym z ojców–założycieli Czechosłowacji. Pełnił obowiązki pierwszego premiera kraju (1918–1919).
W 1919 przebywał w Rosji starając się wspierać gen. Denikina. Sprzeciwiał się decyzji Beneša o repatriacji Legionu Czechosłowackiego z Syberii bojąc się wzmocnienia czerwonych. Od 1919 do 1934 roku sprawował mandat posła do Zgromadzenia Narodowego. Opowiadał się za polityką antykomunistyczną i przeciw jakimkolwiek relacjom z Rosją bolszewicką.
Zmarł w Pradze, został pochowany na Cmentarzu Olszańskim, w cerkwi Zaśnięcia Matki Bożej, w której budowę był osobiście zaangażowany. W świątyni tej pochowana została również jego żona, Rosjanka Nadieżda z d.