Przebudowa polegała przede wszystkim na wzmocnieniu jego dziobu przez pokrycie go drewnem dębowym grubości 10 cm (4 cale) i żelaznymi płytami grubości 25 mm (1 cal). Wzmocniono osłonę maszynowni przez dodatkowe przegrody, a ściany nadbudówki osłonięto belami sprasowanej bawełny umieszczonymi pomiędzy dodatkowymi drewnianymi ściankami, co dawało ochronę przed ostrzałem z broni strzeleckiej, stąd „General Sumter” był zaliczany do okrętów typu cottonclad. Zamontowano też na nim uzbrojenie w postaci jednego działa gładkolufowego 32-funtowego (kalibru 163 mm) (według innych publikacji, miał cztery działa 32-funtowe i jedno 12-funtowe).
Służba w siłach Konfederacji Po przebudowie, w kwietniu 1862 „General Sumter” wszedł w skład Flotylli Obrony Rzeki (River Defense Fleet) Armii Konfederacji i wziął udział w kampanii na Missisipi. Dowodził nim początkowo komandor (Captain) W. W. Lamb. 10 maja taranowiec wziął udział w zwycięskiej bitwie pod Fort Pillow (Plum Point Bend) z kanonierkami pancernymi Unii. Jako trzeci, po taranowcach CSS „General Bragg” i „General Sterling Price”, staranował i poważnie uszkodził kanonierkę pancerną USS „Cincinnati”, która zatonęła na płyciźnie.