W 1496 roku Filippo Lippi zrealizował zamówienie dla kościoła San Donato w Scopeto na obraz ołtarzowy Pokłon trzech króli. Dzieło to miało zastąpić nigdy nieukończony obraz Leonarda da Vinci. Kompozycja nawiązuje w pewnym stopniu do dzieła mediolańskiego mistrza, ale jest to raczej tradycyjne przedstawienie tematu. Natłok osób, ruchliwość, bogactwo szczegółów niweczą czytelność kompozycji Leonarda.
Wszystkie freski w kaplicy Strozzich we florenckim kościele Santa Maria Novella są autorstwa Filippino Lippiego, który ukończył dzieło w 1502 roku. Z prawej strony umieszczona została scena ze św. Filipem: Cud przed ołtarzem Marsa, a nad nią w lunecie: Ukrzyżowanie św. Filipa. Lewa strona poświęcona jest św. Janowi Ewangeliście: Wskrzeszenie Druzjany. Nad tą sceną przedstawione zostały tortury zadawane św. Janowi. Sklepienie dekorują postaci ze Starego Testamentu: Adam, Noe, Abraham i Jakub.