Jego babka, Antonina Dunin, była wnuczką elektora saskiego Jana Jerzego IV, brata króla polskiego, Augusta II Mocnego, a tym samym był potomkiem Fryderyka III Oldenburga, króla Danii i Norwegii.
Malczewski był bratem generała Konstantego oraz ojcem poety Augusta Antoniego Jakubowskiego.
Życiorys Współczesne badania literatury polskiego romantyzmu dostarczają skąpych informacji na temat życia Antoniego Malczewskiego. Wiadomo, że urodził się 3 czerwca 1793, jako potomek zamożnej rodziny szlacheckiej, skoligaconej z arystokracją. Nie można być jednak pewnym, co do miejsca narodzin: prawdopodobnie była to Warszawa, lecz jednocześnie część historyków uznaje, iż mógł to być Kniahinin na Wołyniu.
W 1805 roku 12-letni Malczewski podjął naukę w Liceum Krzemienieckim. Uczył się dobrze, szczególnie zaś gustował w językach i matematyce. Wakacje spędzał u ciotek Błeszyńskich, w tym czasie podkochiwał się w swojej przyrodniej siostrze Filipinie. W roku 1811 Malczewski wstąpił do wojska Księstwa Warszawskiego. W stolicy został słuchaczem wojskowej szkoły inżynieryjnej, a czekając na przydział wojskowy odwiedzał warszawskie salony. Jego królewskie pochodzenie oraz pokrewieństwo z adiutantem księcia Józefa Poniatowskiego, Hipolitem Błeszyńskim, otwierały mu wszystkie drzwi.